投稿が表示されない件、失礼しました。
全ての画像はMeasurementの結果、Weight値を持っています。
ご質問の0.005はminimum weightと呼ばれるもので、Weightの最大値の0.5%未満の値をもつImageはRejectionするというものです。これは重みが最大の0.5％未満ですと、ほとんどインテグレーションされたデータに寄与しないので時間節約のために設定されています。
https://pixinsight.com/forum/index.php?threads/what-setting-for-minimum-weight-in-wbpp.19079/
Toleranceを変えることで一括出力と個別出力した場合にRejectされるファイルが異なるのは、最大のWeightの値が異なるからです。一括出力の場合はすべてのファイルの中で最も大きな値が最大のWeightになります。一方で個別の場合は指定されたファイルの組み合わせによっては、全体の最大より小さい値が「最大のWeight」となります。そのため一括出力に対して、最大出力の方がRejectされるファイルが多くなる可能性があります。
Minimum weight はWBPPのLightsタブでImage Integrationで変更できます。
まず歯車を押します。
つぎにMinimum weightを変更します。
ただ最大Weightの0.5％重みなので、加えてもあまり全体の品質には影響がないようにも思います。
不明点があればご質問ください！