早速の回答ありがとうございます。
一括出力と個別出力でrejectされるものが違う理由は理解できました。
このrejectionは、Weightが小さいものは出力結果への寄与は小さいのでrejectして計算時間を短縮するということですね。
ただ、WBPPではMinimum weightのdefault値は0.05になっているので、0.5%ではなく5%ですよね。まあこの程度ではrejectされるframe数は結構違うかもしれないけれどweightの小さなものが増えても出力への影響は無視しうるということでしょう。逆に言うと厳しめのframe selectionをしたいのならこの値を大きくすればよいということですね。
ありがとうございました。