Measurementの結果は重みづけでも使われるので、先の私の提案はあまり意味がありませんでした。失礼しました。
FBPPでもMeasurementは行われますが、それは成功しているということですね。それなら大丈夫かとは思うのですが、念のためWBPPで生成されたCalibratedフォルダ内のキャリブ済みのファイルをチェックし問題がないかどうか（ダークやフラットがライトフレームと合っておらずデータが損なわれていないか）を確認してしてみてください。
問題ないようでしたら、ほかの可能性を探るため、どこかのアップローダーにWBPPに入力したファイルをあげていただければ、こちらでも試してみることができます