こてっちゃんさん、はじめまして。応用編の著者の永弘です。書籍もお読みいただいたとのこと、ありがとうございます。
処理フローを拝見しました。途中のMBEはDBEのことでしょうか？（それともMGC?）いづれにしてもフローに大きな問題はなく、これも一つの方法かなと感じました。結果も申し分なく、都会から撮ったとは思えない分子雲の写りですね！
応用編にも書いたとおり、RGBのそれぞれの飽和度の違いがあると、HDRCompositionでは処理後にカラーバランスが崩れることがあります。ですので、私の場合は
WBPP →StarAlignment → HDRComposition →DBE(MGC)→ SPCC → deepSNR
のような順番で行い、HDR合成のあとにSPCCで色合わせを行っています。
こてっちゃんさんの処理の場合、LinearFitを事前に行うことでHDR時の色のズレが抑えられているのかもしれません。もしよければLinearFitを入れた意図などお聞かせください