私は露光時間の長いフレームに、短い方を合わせるように思ったのですが、どうでしょうか。上に挙げられた飽和の問題は、Rejection Highを上手にコントロールしているのかな？中でやっていることなので、正体はわかんないので予想です。
ちなみに、LinearFitのリリースノートを見てみました。基本的な考えとしては露光の大きい方をリファレンスにしています（画像は残念ながらリンク切です）
https://pixinsight.com/forum/index.php?threads/new-tool-linearfit.2236/
またこちらはLinearFitの説明としてよくできていますが、やっぱりノイズの少ない方をリファレンスにするよう推奨しています。
https://jonrista.com/the-astrophotographers-guide/pixinsights/linearfit/
いずれにしても、だいこもんが指摘したようにHDRCompositionの前にLinear Fitはしないほうがよさそうですね。