水っちさん
別途お送りいただいたログファイルと、マスターファイルをみて原因がおそらくわかりました。おそらく「BiasとFlatのISO値が異なるため」です。
ライトと同じくBias, Dark, FlatのISOを3200に統一して撮影しなおすと、うまくいくと思います。
◾️そう考えた理由
・ログファイルをみるとFlatはBiasを使ってキャリブレーションしています。このとき
BiasのISOが1600
FlatのISOが100
となっているため、問題を引き起こしたようです。実際、キャリブレーションしたFlatファイルをみてみると、データの値が全てのピクセルで同じ値になっていました。
BiasマスターとFlatファイルを見てみると、Biasのデータの最小値よりFlatのデータの最小値の方が小さくなっています。そのためFlatからBiasを引き算したとき、値がマイナスになってしまいます。これが原因でFlatのキャリブレーションが正しくできないようでした
CR2のときはうまくいったのは、CR2とCR3でカメラの内部のオフセット処理などが変わるためのように思います。
ちょっと面倒ですが試していただけますか。