田中さん
ご質問をありがとうございます。最初みたときベイヤーパターンの誤りかと思ったのですが、RGGBで正しく設定されていますね。ASI294MC ProはRGGBで間違いないです。
問題を切り分けるために少し実験的にやりたいのですがよろしいでしょうか。WBPPを実行すると5時間かかるとのことなので、画像は40枚全部ではなくて、5枚程度でも結構です。
下記の条件でWBPPを再実行くださいますか。
・Biasは使わない
・右にあるOptimize Master Darkオフにする
またmasterフォルダ以外を削除するのは問題ありません。これらのファイルはWBPPを再実行するときに再利用してくれるので、2回目のWBPPが速くなる、というメリットがあります。私は画像処理中は残しておき、完成したら撮影したオリジナル画像とmasterを残し、それ以外を削除しています。