ご回答ありがとうございました。
そう、星雲がRGBのRが抜けてしまったような色なのに対して、背景がそれほど緑っぽくないのですよね。それに引き換え、星は完全に緑色なので、やはりカラーバランスが悪いのかと疑ってしまいます。
何しろ、STFの「Link RGB Channels」ではない状態でオートストレッチを掛けただけですから、カラーバランスが悪くても仕方がないんじゃない？と言われればそれませですが、今までこんなひどい色になったことがないですし、上に書いたように、M16の古いデータを使ったWBPPの結果はおかしくなっていないので、「元データがおかしいのか？」と疑心暗鬼な状態です。
いずれにしても、ご指摘事項をトライしてみます。
WBPPに緑カブリについて、Cloudy Nightsと同じことが書いてある日本語のブログを見つけましたので、リンクを貼っておきます。