両方ためされるのですね。下記の方法で実行するのが簡単です。
(1) FSQ, VSDそれぞれWBPPでCalibrationだだけ実行
下記のパラメータを設定して、FSQ, VSDそれぞれFlat, Darkを指定してCalibrationだけ実行します。つまりWBPPは２回実行します。
(2) Integration
WBPPで(1)でCalibrationしたライトフレームを読み込み実行。Calibratedフォルダの下のファイルを読み込みます。このとき、Flat, Darkは指定しません。
これでできると思います。Group機能を駆使すると一回でできるかもしれないですが、このケースでやったことがないのと、すこし設定がややこしいので上記が良いと思います！