結果のご連絡をありがとうございます。
私はステライメージの利用経験はないのですが、同じFlatという名前がついていても違うものなのでしょうね。
ちなみに私はFlatやDarkは100枚にしています。LightのSubframeにもともとノイズが乗っているので、そのノイズレベルより少ないノイズレベルのFlatやDarkを使えばノイズレベルが悪化することはない、という考えからです。このあたりは人によっても考えがいろいろあるところではありますね。
ちなみに撮影は、遠征と常設のどちらでしょうか。遠征であればFlatは撮り直す必要がありますが、常設ならば一度撮影したFlatをしばらくは使い続けることもできるように思います。それであれば、一回Master Flatをつくっておけば、それを使うことで毎回Integrationしなくて済みますね。