お返事ありがとうございます。
まずひとつ前の私のコメントを訂正させてください。
誤：②予めFlatDark処理されたフラットをWBPPで使う
正：②予めFlat/Dark処理されたLightをWBPPでスタックする
混乱させる内容でした、すみません。
フラットの扱いはステライメージとPI（のWBPP）とでは、おっしゃる通りかなり違うと感じます。それぞれが何を前提としているかを理解したうえで使うのが良さそうです。
私は常設に近いスタイルです。観望や撮影の都度、庭の定位置に望遠鏡を設置してカメラなどもほぼ同じ姿勢や設定で使うので、MasterFlatを作成して使いまわしたいと考えています。
PIはABE、SPCC、GHSなどの高機能ツールをはじめ、BXT、NXTなどのプラグインを使えるのも便利なので、長い付き合いになりそうです。
今後ともどうぞよろしくお願いいたします。