Darkファイルだけいれておけばよくて、Master Darkを指定する必要はありません。PIで作成したMaster Darkは再利用できるので、次回からはDarkファイルをいれずにMaster Darkだけでも大丈夫です。時間の節約になるので私はそうしています。
Rだけが影響を受けるのが不思議ですが、DarkとLightが合っていない可能性がありますね。Sirilとは処理が違うでしょうから、SirilでうまくいっていてもPixInsightで問題がおきる可能性はあります。実際、ステラショットで発生しなかった問題がPixInsightでおきたことはあります。
Darkがあっていない場合、Optimizeをすると上手くいく可能性があります。CalibrationタブでLightを選択して、右側のOptimize Master Darkにチェックをいれてみて試してくださいますか。
