weight が大量に 0 になっているということで薄々そういうことじゃないかなと思っていましたが、おそらくダークの OFFSET も 70 になっているんでしょうね。ライトの OFFSET は 5 ですので、だとするとダーク減算時に引きすぎることになり、おかしなデータになってしまいますね。あと温度も違っていますね。
幸い、冷却カメラのようですので、ダークを、温度とオフセットをライトフレームに合わせて撮り直すと良いと思います。
フラットとバイアス（フラット用ダーク）の温度とオフセットは、このペアで一致していれば大丈夫だと思いますが、一応、これらもダーク同様、ライトフレームに合わせるクセをつけておいた方が何かと都合が良いと思います。（ダークの最適化をするのであれば、バイアスのオフセットもライトと同じでないといけません。）