ひのさん
こんにちは。まずWBPPではズレた境界線を目立たなくする方法は見当たりません。
大きくずれているならば、一つの方法はモザイク合成することです。それぞれWBPPを実行して、2枚もしくは複数枚の画像を作ります。それをモザイク合成する方法です。
PixInsight でもモザイクの機能はありますがあまり性能が良くなくて、私は使っていません。
私はAstro Pixel Processor (APP)を使っています。
https://www.astropixelprocessor.com/
APPの使い方は蒼月さんのYouTubeが詳しいです。
https://youtu.be/yooG6cCDaUk?si=8xGC5arGZvHu2YxZ
お試しください！