丹羽さん、早速ご返事いただきありがとうございました。PSF Signal Weightは強力な評価方法のようですね。インテグレーションでは、SSWEIGHTやWBPPWGHTを使わないで、これにしようと思います。
Interactive modeは試してみましたが、LAレファレンス作成の対象になるのは、その時にWBPPに放り込んだライトだけのようです。この点で、外部のファイルを指定できるSAのレファレンスとは扱いが異なるように思います。
あるまとまったライトのLAレファレンスは、その中から選ばなければならないのでしょうか。WBPPを使わない手動のSA -> LN -> IIでは、LNレファレンスは自由に選定できますし、結果に問題はないような気がしていますが、いかがなのでしょうか。