ぜんまるさん、こんにちは。
GraXpertは私は使っていないのですが、MGCやGCなどかぶり取りのツールは使っているので、その前提で話しますね。
まず大前提として、これらの順番はよく論争になるものの、結論はでていないです。さらにいうと順序による違いを感じたことはほとんどないです。その上で私の考えは下記です。
◾️かぶりとり(GraXpert, MGC, GC)とBXT
リニアフェーズでは下記の順で実施しています。BXTをかける前に綺麗にしておいた方が良いだろうと言う判断です。
1. かぶりとり(GraXpert, MGC, GC)
2. BXT
ただGraXpertの代わりにMGCを使う場合はBXT→MGCが良いと主張している方もいらっしゃいます。これはMGCの前にSPFCという処理をしますが、その際に星像が綺麗な方がよいから、という理由です。SPCCの前にBXTをかけるというのも同じ理由です。（ちなみに私はCorrect OnlyのBXTを、SPCCの前にかけています）
◾️NXTなどノイズリダクション
これも人によって意見が異なりますが、私はストレッチ後にかけています。つまりノンリニアです。ノイズリダクションで一番怖いのは、かけすぎて画像をダメにしてしまうことです。ダメになるというのは、淡い部分が消えたり、不自然に背景だけツルツルになったりなど。この判断は自分の目で見るしかないのですが、ある程度ストレッチをした画像でないと判断がつかないという理由です。リニアですと、その後に処理がどう変わるかわからないためです。
冒頭にコメントしたように、この件はたびたびフォーラムでも話題になり、皆が主張するものの、決定版はなく、人によってまちまちです。