返信が遅くなりました。DebayerにSeparate RGB ChannelsというOutputができるのですね。知りませんでした。Debayerされているということなので、色の補間の影響はないですね。
そうすると論点は二つです。
(1) RGB分解してから個別にIntegrationした場合と、カラーのままIntegrationした場合の違い
(2) RGB分解して個別にDBEをかける場合と、カラーのままDBEをかける場合の違い
(1）に関してはIntegrationの重みづけなどは、RGB別に実行されるので両者に違いは出ないように思います。しかし今回の結果は違っているのですね。
(2)は古くから議論されているテーマで、変わらない派と変わる派がいるようです。理屈上では両者は同じと予想されますが、今回のように結果が異なるという方も多く、議論もされています。
結局のところ、(1)も(2)も内部処理がわからないので正しいことはわからないですが、主流派はWBPPもDBEもRGB状態でやっている方が多いようです。
また最近はGradient CorrectionやMGCも出てきたので、それとDBEの使い分けというのもテーマになっていますね。