MIさん、こんにちは。ご質問をありがとうございます。
添付いただいた画面ですとFlatにインテグレーション済みのマスターファイル(masterFlat)が登録されています。FlatDarkはインテグレーション前のFlatのサブフレームから引き去る必要があります。FlatDarkを利用してmasterFlatを作りたい場合、個別のFlatのサブフレームを登録ください。
この画像がフローです。
こちらで解説しました。
https://masahiko.me/wbpp20-pixinsight/
もしご質問の意図と違っていたり不明点がありましたら、またご質問下さい！