田中さん
ありがとうございます。これまでの情報を総合すると、DarkでのCalibrationで問題が起きていると思います。Narrowbandフィルターを使っているためSubframeをみるととても淡いので、Dark減算をしたときにRがぬけてしまったように思います。RGGB配列なのでGのシグナルはある程度強く、Gは残ったので緑になったと推測します。(まだ推測です)
Darkフレームと、撮影画像、Calibrate済の画像の様子をみたいので、Processes -> all processes -> statisticsを起動して、下記の画像のStatistics画面のスクリーンショットを見せていただけませんか。
・Darkのマスター
・Darkの１枚
・撮影した画像
・Darkあり、Flat、BiasなしのCalibrateフォルダのしたの画像
対象画像切り替えは一番上のドロップボックスでできます。
また短期的には下記の条件でWBPPを実行すると赤くはなると思います。
・Biasあり
・Flatあり
・Darkなし
PixInsightのバージョンアップは、いったんこの問題が解決するまでは実行しない方が良いと思います。環境を変えてしまうと問題の切り分けができなくなるといけないからです。