ぽうざマスターさん、
こんにちは。
試したことがないので確証はないのですが、可能性があるとするとFlatからFlatDarkを引くプロセスのような気がします。
下記のフローを見ていただきたいのですが、FlatDarkによるFlatのCalibrationはスタック済みのFlatではなく、Subframeの１枚ずつに実行しCalibartionされたFlatを作り、その後にIntegrationしてMasterFlatを生成します。
https://masahiko.me/wbpp20-pixinsight/
1200枚のFlatのSubframeをいったんFlatDarkでCalibrationしてCalibration済みのFlatのSubframeを1200枚作り、その後に300枚ずつIntegrationし、最後にまとめてIntegrationしたらどんな結果になるでしょうか。