常設であればゴミもあまり変わらないので、一度作ったMaster Flatは何度も使えますね。またDarkは私は一度作ったら1年以上使っています。以前に数年経ったら変わっていたという話をきいたので、経年変化もあるかと思い、1年に一回くらいは作り直しています。
今回の方法ですとWBPPで少しずつ処理をするか、WBPPを使わずにマニュアル処理をするかですね。
たとえばWBPPでDark/FlatのCalibrationをLightにかける処理ならば、Calibration以降のチェックを外すことでできます。
またWBPPを使わずにマニュアルでやるときは、WBPPのログを使うと便利です。こちらの記事の方法でWBPPのログから画面を表示させて、あとは自分でファイルなどを変更します。
また、今回のぽうざマスターさんが実行されようとしているフローを、実は私はちゃんと理解できずにおります。もしお時間あればお考えのフローをもう一度お教えくださいませんか。もう少し良い方法を考案できるかもしれません。