私はLPR-Nを使ったことがないのですが、おそらくフィルターが原因かと思います。
光害カットフィルターは特定の波長をカットします。星雲は輝線の波長が決まっているので問題ありませんが、星は連続光なので影響をうけます。SPCCは星の光を頼りにカラーバランスを整えますので、影響が出たのかと思います。
LPR-Nの特性グラフを見ると、青〜緑に比べて黄色〜赤の領域を多くカットしていそなので、それを補完して赤に転んだのなと推察します。
可能でしたらフィルターを使っていない画像でSPCCを試していただけないでしょうか。
また、だいこもんさんが、SPCC用のフィルターデータを作成する手順を公開されています。ただ、ちょっと専門性が高く、残念ながら私は試せておりません。