いつも丁寧な返信ありがとうございます。レスポンスが遅くなってすみません。撮影時のガイド方法をガイド鏡方式からOAG方式に変えることにしたのですが、トラブル続出でそちらにかかりきりになっておりました。
ダーク、フラットによるキャリブレーション処理をステライメージ（SI）で対応している理由ですが、予め作成したダークやフラットを使いまわす形での処理がPIではやりにくいということによります。インテグレートする前のダークやフラットをライトと一緒にWBPPなどに放り込めばきちんと処理されるのは確認しました（ダークやフラットとして、それぞれ４ファイル以上の指定が必要なようです）。しかし私の場合ダークは1200フレーム、フラットは最低300フレームをインテグレートして使用しています。これらの膨大な数のファイルをWBPPを使うたびに処理させるのは効率が悪いので、SIのバッチ処理を利用してダーク、フラットのインテグレート画像を作成し、WBPPではキャリブレーションのチェックを外してインテグレートやdrizzleのみを指定して処理しています。
七転八倒の末、最近OAGがまともに使えるようになりました。また赤道儀もOAGが活きるように暴れが少ないものに変更しました。すると「いったんもめん」が出なくなりました。推測ですがdrizzleは数ピクセルのディザリングを想定しているのではないでしょうか。私が前に使っていた架台はガイド暴れが頻繁に生じていて、ガイド復帰後の画像のずれが数ピクセルどころか数十ピクセルになることもまれではありませんでした。これがdrizzle処理を狂わせてしまったのではないでしょうか？こういった架台で写真撮影することがそもそも間違いだったと考えています。場違いなトラブル相談でお手を煩わせてしまい、申し訳ありませんでした。
余談ですが、最近とあるショップで赤道儀についてあることを教えてもらいました。海外製の赤道儀には眼視観望に重点を置き、写真撮影にはあまり重きを置いておらず、追尾が（撮影レベルでは）暴れるものが多いというものです。私が使用していた赤道儀もまさにその「眼視観望用」のものでした。幸い撮影環境を刷新できたので、もしこれでまた「いったんもめん」が現れたら、またご相談させていただこうと考えいています。今後ともどうぞよろしくお願い致します。