ひとつ確認させてください。DarkはLightsと同じ温度、Gain、露光時間でしょうか。
もし同じ温度、Gain、露光時間でも起きているとすると、これはナローバンドで起きやすい現象です。ナローバンドでは光が弱くなるので、ダークと背景の輝度がほとんど変わらなくなり、背景が0になってしまうことがおきます。私もナローバンドを600秒の露光ではおきています。
今回の画像に関しては、Darkを使わないようにするか(BiasはおそらくOK)、もしくはCalibrationタブにあるOptimize Darkというチェックを使うとうまくいくかもしれません。
また今後の対応ですが、下記が考えられます。
(1) ナローバンドの露光時間を延ばす
(2) ナローバンド撮影時のGAINを高くする
私は(1)で対処しています。