あ、そうでした。失礼しました。
Post CalibrationのExposure toleranceを300に設定してみてください。これはどれくらい露光時間の異なる画像を一緒に処理するかを設定します。300にすると300秒異なる画像も一緒にIntegrationします。
LightタブにもExposure toleranceがありますが、Calibrationは別々にしたいのでLightタブではExposure toleranceを2のままでOKです。Post CalibrationタブのExposure toleranceを300にしてみてください。
これで露光時間が異なっても一緒にIntegrationしてくれます。重みをつけているので、品質の高い300秒の方が高い重みで実行されます。