ご無沙汰しています。今年のCP+ではお会いできてよかったです！
枚数の制限はないはずです。何かエラーは出ていますでしょうか。
ただ、私も1000枚のRegistrationはしたことはないです。もしかしたらPC側の制約にひっかかるかもしれません。
簡単な回避策としては、「複数回数にわけてWBPPを実行する」という手段があります。
1. 100枚程度のグループ10個に分ける
2. Registration Reference Imageで位置合わせする画像を設定
3. WBPPのLightsでRegistrationまでチェックして10回実行
4. Reigstration済みのファイルを読み込んで、WBPPでIntegration以降を実行
丹羽