的確なご指摘ありがとうございました。
昨夜からDarkのフレームの撮影し直しを始めました。
5秒から300秒まで、何種類かを100枚ずつ。（すべて撮り直すと20時間以上かかります）
それでも不思議なのは、撮影した画像（1枚）よりDark（1枚）と比べて、平均値ばかりか最小値も撮影画像の方が値が小さいのは何ということでしょう？
光漏れをご心配していただきましたが、例えばM16は同じDarkを使っても問題なく処理ができています。
また、撮影画像にはDarkの右上に出ている強烈なアンプグローも見られないことです。
撮影条件に何か異変があったのかもしれないとFitsのヘッダーを見ても、私が設定可能なパラメータは以前と変わっていないようです。
何か致命的に画像データが小さくなる不具合があるかもしれないので、もう少し元画像を見てみます。
同時に写したM31は同条件で撮影したデータもありますから、その比較などもやってみようと思います。