確かにこのイラストを見ると、秒数が極端に違う時は問題になりそうです。
先ほどのリンクを下の方まで読んでいくと、だいこもんの言う通り64bitに変換していました。
https://pixinsight.com/forum/index.php?threads/new-tool-hdrcomposition.2253/
以前に「HDRCompositionが出力する画像は64bitなので、STFで見ると階調がジャンプして見える」という問題を質問コーナーでやりとりしたのを忘れていました。
https://masahiko.me/forums/topic/hdrcomposition/
とするとLinearFitも露光時間が短い方に合わせているのかもしれませんね。