大槻さん、
記事をお読みくださいましてありがとうございます。たしかにBackground Neutralizaionを実行することで飽和して白くなっている星の色が変わるのですが、ほとんど気にしなくて良いと考えています。
全体から足し引きする値は、輝度の低い背景部分の、さらにR,G,Bの差分の量です。そのため足し引きする量はとても小さいと考えられます。
たとえばこちらの画像ですと、飽和を1とした場合、背景の平均輝度はR,G,Bで0.0015程度でした。ここからRGBの差分を足し引きします。実際にBackground Neutralizationを実行するとデータの変化量は0.0000105でした。飽和している星の輝度は1、かなり明るい星でも0.1くらいでしたので、飽和している星には0.001%程度の変化、輝度が0.1の星でも0.01％の変化です。そのためほとんど星の色には影響を与えないと思います。
一方で見た目にはBackground Nuetralizationをかけると背景の色が変わりました。逆に考えるとそんなに小さな変化でも背景の色は変化するのですね。