画像を混ぜてインテグレーションするのはまったく問題ないですし、全体の品質向上に意味があります。いまのWBPPには重み付けのロジックがあるので、品質の異なるデータのインテグレーションは推奨されています。Gainが異なる場合もSNが異なってきますが、同じ理由で問題ないと思います。
ただし、DarkはそれぞれGain 0とGain 120を適用ください。
また異なる品質のインテグレーションについては、こちらの記事もご覧ください。
https://masahiko.me/integration-new-method/
一気にやる場合はおっしゃるようにフォルダをわけてグルーピングをするかと思います。そのときもGainの異なるDarkフレームを別々に作っておく必要があるので、やはり一回では行かないところがありますね。そのためCalibrationを最初に一回やる方法が簡単そうです。
全部混ぜたデータと個別のデータで差があったかなど、機会があればお教えください！