米倉さん、こんにちは。最初に質問をいただいてから返信が遅くなり申し訳ありません。
Debayer前のCFA画像をSubframe Selectorで評価した場合とDebayer後の画像では、値は異なるので良いと思います。Debayer前は一つのファイルにRGBのデータが混在しています。そのためたとえばEccentricityでもDebayer後はRGB画像別に星の形が評価されますが、Debayer前ですとおそらく平均的な星で評価されるはずです(これは予想です)。
画像の比較であれば、Debayer前の画像で実施しても条件は同じなので問題ないとも思いますが、PixInsightのフォーラムでは「Debayer後の画像で比較すべし」とのコメントもありました。また多くのチュートリアルでもDebayer後の画像でSubframe Selectorをかけるプロセスになっています。Debayer後あればまちがないので、Debayer後で、できればCalibration済みのファイルをSubframe Selectorで確認することをおすすめします。
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