ウィスキーボンボンさん、
たしかにWBPPはかなり変わりましたね。基本フローのWBPPを更新しました。
https://masahiko.me/pixinsight-workflow/#toc1
フィルターのご質問ですが、全ての画像で同じフィルターをかけているのでしょうか。WBPPで実行しているのは基本的には、ダークやフラットなどキャリブレーション、位置合わせ、ノイズ処理、合成ですので、もしすべて同じフィルターということでしたら、あまり気にせず同じパラメータで実行すれば問題ないと思います。
もし画像ごとに異なるフィルターを使っていて、フィルターごとにたとえば異なるフラットを設定したいなど処理を分けたいということでしたら、工夫が必要になります。たとえばモノクロカメラのRGBフィルターの場合は自動判別しますのでフラット設定やパラメータ設定は別々に設定できますが、その他のフィルターで処理を分けたいということですと、まだ実験したことはないのですが、Grouping機能を使って自分でグループを作ってそれごとにフラットやパラメータを個別に設定します。
お答えになっていますでしょうか。もしご質問が違うことでしたら、お気軽にご返信ください！